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        轉錄組測序

        來源: 本站原創    作者:佚名   發布時間:2015/3/31 10:58:11

           轉錄組廣義上指某個物種或特定細胞在某一生理條件下產生的所有的RNA,包括mRNA、核糖體RNA、轉運RNA及非編碼RNA等,狹義上指所有mRNA的集合。轉錄組是研究細胞表型和功能的重要手段。與基因組不同的是,轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下,其基因表達情況是不完全相同的。轉錄組測序是指利用第二代高通量測序技術進行cDNA測序,全面快速地獲取某一物種特定器官或組織在某一狀態下的幾乎所有轉錄本。相對于傳統的基因芯片技術而言,轉錄組測序無需預先設計探針,即可對任意物種的任意細胞類型的轉錄組進行檢測;能夠提供更精確的數字化信號,更高的檢測通量以及更廣泛的檢測范圍,是目前深入研究轉錄組復雜性的強大工具。

        迪巧的優勢

        ★ 擁有標準化操作實驗室和高通量測序技術平臺,實驗周期短,質量可靠。
        ★ 擁有Roche 454 FLX +、Illumina HiSeq 2500和MiSeq等多種高通量測序平臺。
        ★ 技術人員經驗豐富,可以根據合作伙伴要求提供實驗方案、解決實驗問題、分析實驗結果。
        ★ 擁有專業的生物信息團隊和大型計算機,可以為合作伙伴提供個性化的生物信息分析服務。

        技術路線

        轉錄組測序技術路線圖


            Roche 454 FLX +高通量測序平臺、Illumina HiSeq 2500和MiSeq高通量測序平臺均可對轉錄組進行測序,由于這三種平臺各有其優缺點,針對不同的樣品情況,需靈活選用。Roche 454 FLX +高通量測序平臺的優點是單序列讀長可以達到300~700bp,在未知基因組序列物種的轉錄組分析中更有優勢,其較長的讀長便于拼接,能獲得更好的轉錄本數據。Illumina HiSeq 2500高通量測序平臺的優點是單次測序獲得的數據量大,能夠得到更高的覆蓋率,檢測到更多低豐度的轉錄本,在已知基因組序列物種的轉錄組分析中更具優勢。

         

        生物信息分析流程

           有參考基因組的轉錄組分析  

         

        無參考基因組的轉錄分析

        研究內容

        1. 有參考基因組的轉錄組分析(Transcriptome analysis with reference genome)

        1) 原始數據處理
        2) 序列mapping至參考基因組序列
        3) 基因注釋
        4) 可變剪接分析
        5) 新轉錄本預測
        6) SNP及SSR分析
        7) 基因表達差異分析(不少于兩個樣品)
        8) 表達模式聚類
        9) GO和KEGG富集顯著性分析

        2. 無參考基因組的轉錄組分析 (De novo Transcriptome Analysis)

        1)原始數據處理
        2)序列拼接
        3)Unigene統計分析
        4)Unigene功能注釋
        5)GO和KEGG分析
        6)SNP及SSR分析
        7)基因表達差異分析(不少于兩個樣品)
        8)表達模式聚類
        9)GO和KEGG富集顯著性分析

        送樣要求 1

        1.樣品類型: RNA
        2.樣品需求量(單次): 建議送樣量≥10ug,對于總量≥1ug的樣本可以采用風險建庫
        3.樣品濃度: 最低50ng/ul
        4.樣品純度:OD260/280=1.80-2.00,RIN≥7.0
        5.樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時請使用干冰運輸。


        送樣要求 2

        1.樣品類型: cDNA
        2.樣品需求量(單次): 建議送樣量≥2ug,對于總量≥500ng的樣本可以采用風險建庫
        3.樣品濃度: 最低10ng/ul
        4.樣品純度:OD260/280=1.80-2.00,RIN≥7.0
        5.樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時請使用干冰運輸。

      3. 上一個項目: 動植物基因組重測序
      4. 下一個項目: 無參轉錄組測序
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